Đàn trâu, bò hiện có chủ yếu là phục vụ sản xuất nông nghiệp, cày kéo kết hợp nuôi sinh sản và nuôi lấy thịt, tỷ lệ bò lai chiếm 40% tổng đàn. Tổng số hộ chăn nuôi trâu, bò trên địa bàn huyện là 10.840 hộ; trong đó, số hộ chăn nuôi dưới tán rừng là 2.854 hộ, với 5.138 con, chiếm tỷ lệ 27% so với tổng đàn. Đàn gia cầm được chăn nuôi dưới tán rừng hơn 111.000 con, chiếm 45% tổng đàn, với 1.061 hộ lập trang trại chăn nuôi gia cầm dưới tán rừng. Đàn dê được chăn nuôi dưới tán rừng là 8.269 con, chiếm tỷ lệ 85% tổng đàn, với 501 hộ lập trang trại chăn nuôi... Ngoài ra, trên địa bàn huyện có 436 hộ đã xây dựng trang trại nuôi ong lấy mật dưới tán rừng. Đây là tín hiệu đáng mừng. Người nông dân đã chuyển phương thức chăn nuôi quảng canh, nhỏ lẻ không chăm sóc sang chăn nuôi theo hướng hàng hóa, tập trung vào phát triển chăn nuôi gia trại, trang trại dưới tán rừng. Đàn gia súc, gia cầm được chăn nuôi thả vườn, đồi theo hướng an toàn sinh học, không sử dụng thức ăn công nghiệp được người tiêu dùng ưa chuộng nên sản phẩm bán được giá, thu hút nhiều hộ dân đầu tư phát triển.
Thành Yên, một trong những xã vùng cao khó khăn của huyện, đã xuất hiện nhiều mô hình trang trại chăn nuôi gia súc, gia cầm sạch, nuôi ong lấy mật dưới tán cây rừng. Đến thăm gia đình ông Đinh Xuân Yêng, ở thôn Yên Sơn 2, với 8 ha đất chuyên trồng mía nguyên liệu, năm 2011, ông mạnh dạn dành 0,8 ha đất mía để trồng cỏ nuôi bò sinh sản. Ông Yêng cho biết: Ban đầu tôi chỉ nuôi từ 3 – 5 bò lai sinh sản, thấy có hiệu quả tôi đã đầu tư mua thêm 5 cặp bò mẹ và hiện nay trong trang trại của gia đinh, đàn bò đã phát triển lên 23 con. Khi nguồn vốn tự có đã dôi dư, ông Yêng đầu tư chăn nuôi dê sinh sản dưới tán rừng trồng. Sau hơn 2 năm đàn dê đã phát triển từ 40 lên 93 con. Với mô hình trồng mía kết hợp với chăn nuôi bò và dê dưới tán cây rừng, hàng năm trừ chi phí, gia đình ông Yêng thu hơn 300 triệu đồng, tạo việc làm cho 4 lao động.
Tuy vậy, song chăn nuôi của huyện Thạch Thành vẫn còn không ít khó khăn, hạn chế: vẫn còn những hộ dân chăn nuôi theo lối nhỏ lẻ, phân tán, tự phát. Dịch bệnh thường xuyên xảy ra, giá cả đầu vào như giống, thức ăn... tăng cao, trong khi giá đầu ra thiếu ổn định. Cấp ủy, chính quyền một số xã chưa có giải pháp định hướng cho người dân trong phát triển chăn nuôi. Vẫn còn tình trạng trâu, bò thả rông.
Để chăn nuôi tiếp tục phát triển và tạo ra những sản phẩm hàng hóa có giá trị kinh tế cao, các ngành chức năng trong huyện đang tập trung rà soát, điều tra để xây dựng Đề án “Phát triển chăn nuôi dưới tán rừng và tiêu thụ sản phẩm từ chăn nuôi trên địa bàn huyện Thạch Thành”.